Combien coûte un salarié en arrêt maladie à l’employeur ?

Pendant les 7 premiers jours d’un arrêt maladie ordinaire, l’employeur ne verse aucun complément de salaire. Le coût d’un salarié en arrêt maladie démarre donc plus tard qu’on ne le suppose, et il dépend de quatre paramètres : l’ancienneté, la nature de l’arrêt, la convention collective et le choix de la subrogation. Je détaille chacun avec les chiffres de Service-Public, puis je chiffre un cas réel de calcul sur 40 jours.

Que paies-tu vraiment quand ton salarié tombe malade ?

Deux financeurs se partagent l’indemnisation. La Sécurité sociale verse les indemnités journalières (IJ) : 50 % du salaire journalier de base, après un délai de carence de 3 jours. Toi, l’employeur, tu complètes ensuite le revenu du salarié, à condition de cocher chaque critère de la liste ci-dessous. Tu les vérifies avant tout calcul, parce qu’un seul critère manquant supprime l’obligation de compléter.

• Le salarié justifie d’1 an d’ancienneté au moins, calculée à partir de son premier jour d’absence.
• Tu as reçu son certificat médical dans les 48 heures.
• Il relève d’un régime de Sécurité sociale qui ouvre droit aux IJ.
• Il se soigne en France ou dans l’Espace économique européen.
• Son contrat n’est ni du travail à domicile, ni saisonnier, intermittent ou temporaire.

Bonne nouvelle pour ta trésorerie : le versement effectif des IJ par la caisse n’entre pas dans les critères. Si la CPAM tarde, ou réduit les IJ après une hospitalisation, ton complément se calcule quand même sur le montant intégral des IJ théoriques. Autant le savoir avant de répondre à un salarié qui s’inquiète d’un retard de paiement.

Côté Sécurité sociale, l’ouverture des droits tient à deux critères au choix. Pour un arrêt de moins de 6 mois, le salarié doit avoir travaillé 150 heures sur les 3 mois civils précédents, ou cotisé sur une rémunération au moins égale à 1 015 fois le Smic horaire sur 6 mois. Les IJ sont dues pour chaque jour calendaire, samedis et dimanches compris, et la caisse les verse tous les 14 jours. La caisse indemnise 12 mois au maximum sur 3 années consécutives, ou 3 ans en cas d’affection de longue durée.

Le calcul des IJ repose sur le total des 3 derniers salaires bruts divisé par 91,25, puis ramené à 50 %. Le salaire retenu plafonne à 1,4 Smic, soit 2 613,82 € par mois en 2026, ce qui bloque les IJ à 42,97 € bruts par jour. Les arrêts commencés avant le 1er avril 2025 gardent l’ancien plafond de 1,8 Smic. Tu retrouves ces règles sur la fiche Service-Public consacrée aux IJ versées au salarié.

L’arrêt suspend le contrat de travail sans le rompre : tu peux consulter l’article sur la durée maximale d’une suspension de contrat pour savoir jusqu’où cette suspension peut aller avant de poser d’autres questions.

Combien de jours dois-tu compléter selon l’ancienneté ?

Le complément s’arrête quand la durée prévue pour l’ancienneté du salarié est épuisée. De 1 à 5 ans d’ancienneté, tu complètes pendant 60 jours : 30 jours à 90 %, puis 30 jours à 66,66 %. Chaque tranche de cinq ans ajoute 10 jours à chaque palier. Le tableau donne la grille complète.

Ce compteur a une mémoire. Si le salarié a déjà été indemnisé par l’employeur pour maladie dans les 12 mois précédents, tu déduis les jours déjà payés. Je te conseille de confier ce décompte à ton logiciel de paie plutôt qu’à un tableur manuel, parce que la période de 12 mois glisse chaque mois et que deux arrêts courts se cumulent vite.

⚠️ Cette grille fixe le minimum légal. Une convention collective plus favorable, comme le maintien intégral du salaire, passe devant : lis la tienne avant de chiffrer quoi que ce soit.

Côté salarié, rappelle-toi qu’un arrêt dû à un accident du travail ou à une maladie professionnelle suit d’autres règles. Le délai de carence de 7 jours disparaît : le versement commence dès le premier jour d’absence. Pour un arrêt ordinaire, la carence joue à chaque nouvel arrêt, y compris le troisième arrêt court du trimestre. À la reprise, un salarié en mi-temps thérapeutique change ton planning avant de changer ton complément : prévois-le avant la date de retour.

Comment calculer le complément, IJ déduites ?

Le principe tient en une phrase. Tu prends 90 % (puis 66,66 %) de la rémunération brute que le salarié aurait touchée en travaillant, et tu retranches les IJ brutes de la Sécurité sociale. Si ton entreprise finance aussi une prévoyance, ses prestations se retranchent de la même façon.

Un exemple vaut mieux qu’une formule. Prends un salarié payé 2 000 € brut par mois, avec 3 ans d’ancienneté, en arrêt maladie ordinaire pendant 40 jours calendaires. Je ramène le mois à 30 jours pour simplifier ; ton service paie applique sa propre règle de proratisation.

1. Salaire journalier de base : 6 000 € de salaires bruts sur 3 mois, divisés par 91,25, donnent 65,75 €.
2. IJ de la Sécurité sociale : 50 % de 65,75 €, soit 32,87 € par jour, versés à partir du 4e jour.
3. Jours 1 à 7 : tu ne verses aucun complément, la carence employeur joue.
4. Jours 8 à 37 : 90 % de 66,67 € font 60,00 € ; moins 32,87 €, il reste 27,13 € par jour, soit 813,90 € sur 30 jours.
5. Jours 38 à 40 : les 2/3 de 66,67 € font 44,44 € ; moins 32,87 €, il reste 11,57 € par jour, soit 34,71 € sur 3 jours.

Au total, ton complément atteint 848,61 €. Sur la même période, le salarié aurait coûté environ 2 667 € de salaire brut. Le salarié, lui, touche 1 216,19 € d’IJ de la caisse en plus de ton complément. Ce chiffre ignore les cotisations liées à cette indemnité : leur taux dépend de ton entreprise, donc fais-le chiffrer par ton service paie plutôt que de te fier à une moyenne.

📏 Sur cet exemple, 40 jours d’arrêt coûtent 848,61 € de complément à l’employeur, alors que 1 216,19 € d’IJ sont financés par la Sécurité sociale.

Un piège classique : confondre les deux carences. Les 3 jours de la Sécurité sociale et les 7 jours de l’employeur ne s’additionnent pas, ils courent en parallèle depuis le premier jour d’arrêt. Les jours 4 à 7 relèvent donc des IJ seules, et ton complément commence au 8e jour.

Subrogation : qui avance l’argent, qui le récupère ?

Avec la subrogation, tu perçois les IJ à la place du salarié et tu les lui reverses avec ton complément, sur sa fiche de paie. Elle ne change pas le coût net de l’arrêt : tu avances une somme, la caisse te la rembourse. Elle change seulement qui attend l’argent.

Sans subrogation, le salarié attend les versements de la caisse, qui tombent tous les 14 jours, et reçoit de ton côté uniquement le complément. Mon arbitrage : tu la choisis surtout pour éviter un trou de paie chez un salarié dont les finances sont tendues, et tu l’évites si ta trésorerie ne supporte pas une avance de plusieurs centaines d’euros par arrêt. Dans l’exemple, elle te ferait avancer 1 216,19 € d’IJ, en plus du complément.

La demande se déclare par la DSN, via un signalement d’arrêt de travail, ou sur l’attestation de salaire. Une fois la subrogation choisie, tu reverses la totalité des IJ reçues. Quand le contrat prend fin pendant l’arrêt, pense à informer la caisse pour que les paiements repartent directement chez le salarié.

Quels coûts s’ajoutent au complément de salaire ?

Le coût d’un salarié en arrêt maladie dépasse le complément de salaire. L’absence entraîne aussi un remplacement, des heures supplémentaires pour l’équipe et, depuis 2024, des congés payés qui continuent de s’acquérir.

Les congés pèsent déjà. Depuis la loi du 22 avril 2024, un salarié en arrêt maladie non professionnelle acquiert 2 jours ouvrables de congés par mois, dans la limite de 24 jours par an. Chaque jour posé plus tard par ce salarié devient une journée de travail que tu paies sans la recevoir.

💡 Pour un arrêt maladie ordinaire, tu peux déclencher une contre-visite médicale en contrepartie de ton obligation de verser le complément. Tu gardes cette carte pour les arrêts longs ou répétés, pas pour tout le monde.

La contre-visite se commande auprès d’un médecin que tu mandates, et son résultat peut suspendre le complément si l’arrêt n’est pas justifié. Elle coûte du temps et un peu d’argent : pèse-la contre le montant que tu risques de verser avant de la lancer.

Le remplacement pèse aussi. Tu peux recruter un CDD pour remplacer le salarié absent, mais son salaire s’ajoute au complément que tu verses déjà. Autre option : répartir la charge sur l’équipe, ce qui déclenche des heures supplémentaires majorées. Je compare toujours les deux chiffres avant de choisir, parce que l’option la moins chère sur le papier n’est pas toujours celle qui l’est sur 6 mois.

Pour chiffrer le coût d’un salarié en arrêt maladie, je démarre toujours par la convention collective, avant le Code du travail, parce qu’elle peut raccourcir ta carence ou allonger ton maintien. Le calcul vient après. Pour un cas complexe, comme une rémunération variable ou un temps partiel, mieux vaut demander à ton expert-comptable ou à ton avocat avant de verser un euro de plus.